在巴黎活动期间，拿破仑又正碰上空前的大动荡。他亲眼在6月20日目睹了群众造反的场面。那一天，约莫五六千乱民涌进杜伊勒里宫，他看到国王路易十六出现在王宫的一扇窗前，面对着造反的暴民无所适从。路易十六想以其基督教的宽容对待造反的暴民，这在拿破仑看来是极愚蠢的举动。此时他情不自禁地大嚷道：“笨蛋，怎么不用大炮轰倒五六百人，其余的不就跑光了吗!”
拿破仑瞧不起路易十六的软弱，并断定国王迟早要垮台。他做事果决刚毅，在巴黎观望徘徊，想寻求机会进取，但他的内心仍挂着阿雅克修。恰巧，一件家务事为他请假提供了借口。他的妹妹玛丽娅娜，当时正在巴黎城里旅游，很不安全，他要把她送回科西嘉。于是他又回到了阿雅克修。
这时，驻在科西嘉岛的法国志愿军与岛上的国民自卫军正准备联合进攻撒丁岛。拿破仑一回来，就受命指挥一营兵力配合攻岛战斗。但此次作战，由于指挥官科洛纳·塞沙里指挥失当和“拉福韦特”号军舰的海军不执行命令而失败。对于这次出征，保利也支持不力。国民公会委派的特派员萨利塞蒂，正要组织科西嘉的防御，以对付英国舰队的袭击。
他们后来发现，保利已经成了反叛者。他长期在伦敦居住，会不会与英国人有勾结还不能肯定。这时，拿破仑的弟弟吕西安·波拿巴在土伦俱乐部告发了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱乐部当即致函公会，公会马上发出对保利的逮捕令……
消息传出之后，不明真相的农民手持武器誓死保卫保利。波拿巴一家对吕西安的疯狂举动惊慌失措。吕西安却洋洋自得地写信给兄弟们：
“我给我的敌人以致命的一击……你们是想象不到的!”拿破仑一家估 计到保利人多势众，会来报复。果然，在拿破仑去巴斯提亚找萨利塞蒂商议问题时，半路上被一帮保利分子包围住，他费了九牛二虎之力连夜逃脱。当天晚上，他坐上一条小船逃跑，沿海岸绕了一段，然后上岸，骑马跑到巴斯提亚，通知他母亲：“你们准备走吧，这地方不是我们的安身之地。”莱蒂齐娅逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，烧为废墟。科尔特的议事大会，声明波拿巴一家为卑鄙无耻之徒，宣布把他们永远驱逐出境。
从此，拿破仑和保利彻底决裂了，他说服萨利塞蒂及其同事，带领四百多步兵和二十多名炮手，突袭阿雅克修，准备占领该城，但没有成功。最后，他不得不带着全家离开了科西嘉，登船逃往了土伦。
拿破仑后来再也没有见到过保利。在后来的年代里，保利投靠了英国人，最终被迫离开了科西嘉岛。1799年，当拿破仑推翻了热那亚共和国时，保利还曾欢呼过，并写信向拿破仑表示了致敬。
拿破仑从科西嘉逃出后，重又回到了他的炮兵团。他的老首长的兄弟让·德·泰伊当团长。拿破仑当了他的副手。不久，收复土伦的命令下达，当时土伦已投靠国民公会恨之入骨的英国人。指挥收复土伦的指挥官是卡尔托。这是位蹩脚的将军，原来是个肖像画家。卡尔托的炮兵指挥官是多马尔坦，他刚披挂上阵就受了伤。国民公会赶派特派员萨利塞蒂和加斯帕兰去监督卡尔托。萨利塞蒂知人善任，便调任拿破仑代替了受伤的炮兵指挥官多马尔坦。从此拿破仑时来运转。这位聪明的青年炮兵指挥官到土伦港后，没花多少时间就看出了整个土伦要塞的关键是控制内外两港的拉塞因半岛。这个半岛只要被攻下，英军在内外两港就无法立足。而现在岛上的英军已构置了一个叫“马尔格雷夫堡”的坚固据点，拿破仑于是计划在英军防线的西南面构筑一个炮兵阵地，并集中了53门炮，准备重点打击马尔格雷夫堡。拿破仑将这个作战计划报上去，很快获得了卡尔托和特派员萨利塞蒂的批准。此后不久，在巴黎的救国委员会又听取萨利塞蒂和加斯帕兰两位特派员的建议，指派了老将迪戈米埃将军接替卡尔托担任了总指挥，迪戈米埃让杜特担任炮兵指挥。杜特是一个视察阵地都要由人抬着走的病人，他对拿破仑的作战计划很满意，因而又放手让拿破仑指挥炮兵。到11月25日，迪戈米埃最后批准了拿破仑拟定的作战计划。12月中旬，法军又将围城兵力增加到三万八千人，比守军多了一倍多。当一切准备就绪后，法军于12月17日发起了攻击。经过连续48小时的炮击，英军的坚固工事大部被摧毁。次日，法军地面部队发起猛烈进攻，，马尔格雷夫堡及其两翼很快被攻占。拿破仑在进攻中也加入了步兵突击，拼杀中他的臀部也被英军刺伤了，由于法军攻占了这个重要阵地，在港内的反法联军的舰船全部暴露在法军的火力之下，结果，联军不得不从土伦港仓皇撤走了。
土伦战役以法军的胜利而宣告结束。这次战役沉重地打击了保王党分子及其反法联军，同时也使拿破仑的卓越指挥才能得到了显现。战役结束后，攻城总指挥上书陆军部称赞拿破仑道：“他拥有一颗充满智慧的头脑，知识渊博，性格坚定。这位非常优秀的军官的才能是无法描绘完全的”。另一位将军也写信给国民公会推崇拿破仑道：“请你们奖励并提升这位年轻人，如果不嘉奖他，他靠自己也会飞黄腾达的。”
由于众将军的一致推崇，年仅24岁的拿破仑，即被国民公会正式任职。
