人民解放军海军和空军正式作为一个军种成立后，并没有自己单独的军种旗，而是使用全军统一的“八一”军旗。当时新生的人民海军除了“八一”军旗，还曾有舰首(艏)旗。1950年4月23日，南京长江草鞋江面举行了华东军区海军成立一周年庆典暨军舰命名授旗典礼，华东军区海军司令员张爱萍将命名状、军旗、舰艏旗隆重地授予各舰舰长、政委。
1950年4月华东军区海军舰首旗(舰艏旗)
舰艏旗为红底，正中为“八一”军徽，红底中央为蓝色横条，代表海洋。
改革开放以来，随着我军对外军事交往的增多，在迎接外军军种领导人的仪式中，也是使用八一军旗，规格偏高，而以国旗代也不合适。这就迫切需要有相应的军种军旗。1991年5月中央军委常委会提出要尽快研究，设计制作陆军军旗、海军军旗、空军军旗，作为迎外使用。
1992年9月5日，中央军事委员会发布命令，公布了中国人民解放军仪仗队使用的陆军、海军、空军军旗样式。三军军旗旗幅的上半部(占旗面的八分之五)均保持中国人民解放军军旗基本样式，正红色旗面，上有金黄色五角星和“八一”字样;下半部(占旗面的八分之三)区分军种：
陆军为草绿色旗面，象征祖国美丽、富饶的绿色大地。陆军军旗表示：陆军是中国人民解放军的组成部分，为保卫社会主义祖国领土安全而英勇战斗，所向无敌。
海军为横向的海蓝色和白色条纹相间，象征祖国蓝色海疆。海军军旗表示：海军是中国人民解放军的组成部分，为保卫社会主义祖国的万里海疆乘风破浪，勇往直前。
空军为天蓝色，象征辽阔的天空。空军军旗表示：空军是中国人民解放军的组成部分，为保卫社会主义祖国的神圣领空展翅翱翔，搏击长空。
军种旗的使用，使我军的军旗成系列，更加完备。
2015年12月31日，中国人民解放军火箭军正式成立，成为与陆、海、空军并列的军种，并启用火箭军军旗。火箭军军旗上半部与陆、海、空军旗一样，下半部为金黄色，象征导弹发射时的火焰。
2018年1月10日，中央军委在北京八一大楼举行了向中国人民武装警察部队授旗仪式。武警部队旗从规格、图案上与中国人民解放军各军种旗属同一系列，旗的上半部保持八一军旗样式，寓意武警部队诞生于人民军队的摇篮，传承着红色基因，表示武警部队是党领导的人民武装力量的组成部分。下半部镶嵌三个深橄榄绿条，代表武警部队担负维护国家政治安全和社会稳定、海上维权执法、防卫作战三类主要任务及力量构成。
中国人民解放军四大军种军旗和中国人民武装警察部队旗
中国人民解放军陆军军旗
中国人民解放军海军军旗
中国人民解放军空军军旗
中国人民解放军火箭军军旗
中国人民武装警察部队旗
军旗使用规定不断完善
自1949年6月颁布军旗式样命令后，随着中国人民解放军《内务条令》《纪律条令》《队列条令》的多次修订和补充，我军军旗制度也日趋完善。1978年6月17日，中央军委颁发《关于军旗问题的若干规定》，涉及了军旗的意义、授予权限、保管和使用等内容。这是1949年我军颁布八一军旗以来，第一次对军旗作出专门性的规定。
一、军旗式样：中国人民解放军军旗的式样，按照经中国革命军事委员会主席1949年6月15日批准发布的中国人民解放军军旗式样《命令》执行。
二、授旗范围：凡组建团(相当团)以上部队和院校，均授予军旗一面。各级机关和人武部以及医院、仓库等其它直属单位不授予军旗。
三、授旗仪式：军旗的授予可在本单位成立大会或授旗大会上，由上级首长或代表授予之。
四、军旗制发：军旗由总后勤部统一制做，由各军区、军兵种后勤部负责发放。海军舰艇军旗，仍由海军按原规定自行制发。
五、军旗使用：军旗主要用于参加典礼、检阅、隆重集会、游行等时机，由掌旗员掌持军旗，左右各一名护旗兵，位于部队的先头，掌旗员和护旗兵，应挑选优秀的干部、战士兼任，平时应进行持旗、护旗等训练。
六、军旗保管：军旗由各级司令部指定专人负责保管，经常晾晒。如因军旗使用过久褪色或霉污、虫蛀时，经军区、军兵种司令部批准，可换发新军旗。
七、中国人民解放军军旗，是我军的荣誉、勇敢和光荣的象征。各单位应对部队进行尊重和爱护军旗的教育，务使全体指战员了解军旗的意义，激发革命的集体荣誉感，自觉地尊重和保卫自己的军旗。对于不尊重或不爱护军旗的现象，应予批评教育。战时因部队怯懦而丢失军旗，该部队的指挥员应受到军纪惩处。
另外，在新颁布的《中国人民解放军内务条令(试行)》第十四章中，专门列有一节军旗的使用管理;在新颁布的《中国人民解放军队列条令(试行)》第七章中，专门列有军旗的掌持、军旗的授予、迎军旗、送军旗、院校迎送军旗等条款。这是对军旗使用规定的补充。
